Rasa ta jest rasą pierwotną, pochodzącą z rejonu Kołymy w północnej Syberii. Hodowana tam przez pionierów w hodowli psów zaprzęgowych – Czukczów oraz Kamczadalów, Koriaków i Jukagirów. Około 17 tysięcy lat temu wiele paleoazjatyckich plemion zamieszkiwało te tereny, gdy były one cieplejszym i bardziej przyjaznym terenem łowieckim. Ludzie zdobywali tam pożywienie polując, w czym pomagały im psy myśliwskie. Każda grupa stworzyła własny typ psa w zależności od wymagań łowieckich, ukształtowania terenu, występujących temperatur czy grubości pokrywy śnieżnej.
Czukcze żyli na półwyspie rozciągającym się z Syberii w kierunku Alaski. Około 3000 lat temu klimat uległ znacznemu ochłodzeniu, toteż Czukcze zaczęli wykorzystywać psy do ciągnięcia sań. Lud ten żył w stałych osadach, w głębi lądu i aby polować musiał przemierzać duże odległości. Ideałem psa było niewielkie zwierzę, które potrzebowało mało pokarmu, ale było na tyle silne, aby ciągnąć upolowaną zdobycz z umiarkowaną prędkością na długich dystansach. Kiedy zaistniała potrzeba przewiezienia cięższego ładunku, pożyczano psy od sąsiadów i zamiast 6-8 zaprzęgano 16 lub 18. Wszystkie samce, oprócz najlepszych, prowadzących zaprzęgi, kastrowano. Zabieg ten miał na celu nie tylko ukrócenie zbędnych kojarzeń, ale pomagał psom w utrzymaniu tłuszczu na ciele. Czukockie zaprzęgi liczące 20 psów potrafiły podobno przebyć w ciągu 6 godzin odległość 120 km i ciągnąć ciężar o masie około 600 kg. Były one często używane przez Rosjan do transportu pasażerów i poczty. Pokonywały wówczas 160–180 km dziennie w szybkim tempie.
Husky zostały sprowadzone do Kanady w 1909 r. przez rosyjskiego handlarza futrami Williama Goosaka, ale nie jest wykluczone, że mogły się tam przedostać znacznie wcześniej. Goosak wystawił zaprzęg w wyścigu „All Alaska Sweepstake” na dystansie 650 km. W porównaniu z miejscowymi psami zaprzęgowymi wydawały się być tak niepozorne, iż początkowo zostały wyśmiane i ochrzczone mianem „syberyjski szczur”. Zaprzęg owych „szczurów”, prowadzony przez Thurnstrup’a, po pokonaniu morderczego dystansu zjawił się na mecie jako trzeci. I tak rozpoczął się ciąg zwycięstw psów tej rasy. W 1910 r. na trasie tego samego wyścigu John Johnson ze swym zaprzęgiem husky uzyskał rekordowy czas 74 h. 14 min. 39 sek., pobity dopiero niedawno, w 1983 r. W latach 1915, 1916 i 1917 wygrywał słynny zaprzęg husky Leonarda Seppali.
Psy Seppali dały początek hodowli tej rasy na kontynencie amerykańskim, gdzie jako szybkie i wytrzymałe prędko zyskały sławę i uznanie. Rozwój hodowli doprowadził do zarejestrowania rasy przez „Amerykański Kennel Club”. Krzyżówki z miejscowymi psami doprowadziły do uzyskania typu uniwersalnego. Psów używano nie tylko w sporcie, ale również w pracy – do przewożenia niezbyt ciężkich ładunków i poczty.
Norweski badacz Roald Amundsen (1872–1928), planując ekspedycję naukową z Alaski na Biegun północny, wybrał do transportu sprzętu właśnie husky. Niestety, wybuch I wojny pokrzyżował plany ekspedycji, a sprowadzone przez Amundsena psy rozpowszechniły się po Kanadzie i USA. Kiedy w latach 1950–1960 rozkwitła hodowla husky w Ameryce Północnej przywieziono pierwsze egzemplarze tych psów do Europy. Popularność oraz liczebność psów rasy siberian husky w Europie znacznie wzrosła wraz z rozwojem sportu zaprzęgowego.